Kế toán thuếVốn nước ngoàiNhãn hiệuChữ ký sốHóa đơn

Kế toán thuếVốn nước ngoàiNhãn hiệu
Chữ ký sốHóa đơn

Thanh tra thuế: chủ doanh nghiệp cần chuẩn bị gì

Từ ngày 01/7/2026, cơ quan thuế chỉ còn thực hiện kiểm tra thuế, tại trụ sở cơ quan thuế hoặc tại trụ sở doanh nghiệp, theo Điều 22 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15. Vụ việc phức tạp, phạm vi rộng thì được chuyển sang cơ quan thanh tra, làm theo Luật Thanh tra 84/2025/QH15. Người ta vẫn gọi chung cả hai là "thanh tra thuế".

Tối thiểu 90% trường hợp trong kế hoạch kiểm tra được chọn theo mức độ tuân thủ và rủi ro.

Lưu ý: Vina Accounting là đơn vị dịch vụ kế toán, không phải cơ quan nhà nước. Chúng tôi rà soát sổ sách, tổng hợp hồ sơ và hướng dẫn anh chị giải trình hoặc khai bổ sung; việc kiểm tra, kết luận và xử phạt do cơ quan có thẩm quyền thực hiện. Nội dung đối chiếu văn bản gốc đến ngày 30/10/2026.

Thanh tra thuế và kiểm tra thuế khác nhau thế nào?

Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 (hiệu lực từ 01/7/2026) chỉ còn Điều 22 về kiểm tra thuế. Nghị định 310/2025/NĐ-CP cũng đã đổi cụm từ "thanh tra thuế" thành "thanh tra" trong Nghị định 125/2020/NĐ-CP (khoản 1 Điều 2). Vì vậy, khi nhận văn bản của cơ quan thuế, anh chị sẽ gặp một trong các hình thức dưới đây.

Cuộc kiểm tra có quyết định ban hành trước ngày 01/7/2026 mà chưa ban hành kết luận hoặc quyết định xử lý thì vẫn phải làm theo Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14 (khoản 3 Điều 53 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15).

Vì sao doanh nghiệp bị chọn kiểm tra?

Khoản 1, 2 Điều 17 Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định: trong kế hoạch kiểm tra, tối thiểu 90% số trường hợp được chọn theo mức độ tuân thủ và rủi ro, tối đa 10% chọn ngẫu nhiên; thứ tự chọn đi từ rủi ro cao xuống thấp. Ngoài kế hoạch, điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 còn nêu các trường hợp kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp sau.

✔Hồ sơ hoàn thuế: thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế như hoàn lần đầu, hồ sơ hoàn có rủi ro cao, hoàn thuế khi giải thể, phá sản (khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP); hồ sơ đã hoàn trước có thể bị kiểm tra sau hoàn trong 05 năm kể từ ngày có quyết định hoàn.

✔Có dấu hiệu vi phạm: cơ quan thuế phát hiện doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế.

✔Có thay đổi về tổ chức, hoạt động khi thuộc diện rủi ro cao: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh.

✔Giải trình không đạt: không giải trình hoặc giải trình không đạt khi bị kiểm tra tại cơ quan thuế mà chưa đủ căn cứ để ấn định thuế (điểm đ khoản 3 Điều 87 Thông tư 89/2026/TT-BTC).

✔Theo yêu cầu, khiếu nại: theo yêu cầu của cơ quan, người có thẩm quyền, để giải quyết khiếu nại, tố cáo, hoặc hồ sơ miễn, giảm thuế của doanh nghiệp rủi ro cao.

Doanh nghiệp rủi ro cao về thuế là doanh nghiệp bị hệ thống của cơ quan thuế xếp vào mức rủi ro cao, trong ba mức cao, trung bình, thấp (khoản 11 Điều 4 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15; Điều 13 Thông tư 94/2026/TT-BTC). Phụ lục II của thông tư nêu các tiêu chí như thời gian thành lập, địa chỉ trụ sở, vốn, số nhân viên so với quy mô; số lần tạm ngừng, đổi địa chỉ khi còn nợ thuế; tỷ lệ nộp tờ khai đúng hạn; tờ khai toàn chỉ tiêu bằng 0; lỗ liên tục nhưng vẫn mở rộng; nợ thuế; biến động doanh thu; số lượng, giá trị hóa đơn sử dụng. Văn bản chỉ nêu tên tiêu chí, không công bố ngưỡng số cụ thể.

Doanh nghiệp đang hưởng chế độ ưu tiên (phải đáp ứng các điều kiện như xếp hạng tuân thủ tốt, rủi ro thấp ít nhất 02 năm liên tục, kết nối dữ liệu điện tử với cơ quan thuế, lưu và truyền dữ liệu sổ kế toán, hóa đơn, có kiểm soát nội bộ) không bị đưa vào kế hoạch kiểm tra tại trụ sở, trừ khi có dấu hiệu rủi ro cao hoặc vi phạm (Điều 48 Nghị định 252/2026/NĐ-CP).

Kiểm tra tại cơ quan thuế diễn ra thế nào?

Hồ sơ đưa vào diện này là hồ sơ thuế được hệ thống công nghệ thông tin phân loại rủi ro cao (khoản 2 Điều 87 Thông tư 89/2026/TT-BTC). Trình tự theo khoản 3 cùng điều như sau.

✔Thông báo lần 1 (Mẫu 01/KTT): doanh nghiệp giải trình, bổ sung tài liệu trong 10 ngày làm việc; được giải trình trực tiếp, trực tuyến hoặc gửi qua bưu chính.

✔Thông báo lần 2 (Mẫu 02/KTT): thêm 10 ngày làm việc; mỗi hồ sơ được thông báo tối đa 02 lần.

✔Hết hạn thông báo lần 2 mà không giải trình hoặc giải trình không đạt: bị ấn định thuế nếu đủ căn cứ; chưa đủ căn cứ thì cơ quan thuế ra quyết định kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp hoặc đưa vào kế hoạch kiểm tra theo mức rủi ro.

✔Đã đủ căn cứ xác định vi phạm: cơ quan thuế ra quyết định kiểm tra tại cơ quan thuế (Mẫu 04/KTT), thời hạn không quá 10 ngày làm việc, hai bên ký biên bản Mẫu 05/KTT.

Không giải trình hoặc giải trình không đủ theo thông báo của cơ quan thuế còn là một trường hợp bị đưa vào diện giám sát trọng điểm (khoản 1 Điều 9 Thông tư 94/2026/TT-BTC). Vì vậy, anh chị nên trả lời thông báo đúng hạn, kể cả khi số liệu không có sai sót.

Kiểm tra tại doanh nghiệp kéo dài bao lâu?

Thời gian tạm dừng không tính vào thời hạn kiểm tra. Trước khi công bố, doanh nghiệp có lý do chính đáng được gửi văn bản đề nghị hoãn, nêu rõ lý do và thời gian hoãn (điểm d khoản 7 Điều 88 Thông tư 89/2026/TT-BTC). Mọi đoàn kiểm tra tại trụ sở đều bị giám sát, quyết định giám sát được công bố cùng lúc với quyết định kiểm tra (khoản 8 Điều 88).

Bị truy thu, phạt bao nhiêu?

✔Truy thu: nộp đủ số thuế thiếu hoặc số thuế đã được hoàn, miễn, giảm sai; điều chỉnh lại số lỗ và số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau (Điều 16 và khoản 6 Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP).

✔Tiền chậm nộp 0,03%/ngày: tính trên số thuế chậm nộp (điểm a khoản 2 Điều 16 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15). Khi số thuế tăng so với quyết toán, tiền chậm nộp tính từ ngày sau hạn nộp hồ sơ quyết toán đến ngày liền trước ngày nộp tiền (khoản 2 Điều 26 Nghị định 252/2026/NĐ-CP). Cách tính chi tiết có tại trang tiền chậm nộp thuế.

✔Phạt khai sai 20%: 20% số thuế khai thiếu hoặc số thuế được hoàn, miễn, giảm cao hơn quy định, khi nghiệp vụ đã ghi đủ trên sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ hợp pháp; áp dụng như nhau cho tổ chức và cá nhân (khoản 2 Điều 45, khoản 3, 4 Điều 44 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15; điểm a khoản 1 Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP).

✔Phạt trốn thuế 1–3 lần: 1 lần số thuế trốn nếu có tình tiết giảm nhẹ; 1,5 lần nếu không có tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ; 2 lần, 2,5 lần, 3 lần khi có 1, 2, từ 3 tình tiết tăng nặng. Trốn thuế gồm không ghi sổ khoản thu, không lập hóa đơn, dùng hóa đơn không hợp pháp… (Điều 44, 45 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15; Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP).

✔Phạt vi phạm khi bị kiểm tra: với tổ chức, mức 2–5 triệu đồng áp dụng khi không nhận quyết định kiểm tra, chậm chấp hành từ 03 ngày làm việc, nộp tài liệu quá 06 giờ làm việc, cung cấp thiếu hoặc sai, không ký biên bản trong 05 ngày làm việc; 5–10 triệu đồng khi không cung cấp số liệu, sổ kế toán hoặc vi phạm niêm phong (khoản 1, 2 Điều 15 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, đã được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP).

✔Thời hiệu: thời hiệu xử phạt khai sai, trốn thuế là 05 năm; quá thời hiệu thì không bị phạt nhưng vẫn bị truy thu thuế và tiền chậm nộp 10 năm trở về trước (khoản 7, 8 Điều 44 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15).

Ví dụ: đoàn kiểm tra xác định công ty khai thiếu 100.000.000 đồng thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2025 (khai sai, không phải trốn thuế); hạn nộp hồ sơ quyết toán là 31/3/2026, công ty nộp tiền ngày 30/9/2026.
• Tiền chậm nộp từ 01/4/2026 đến 29/9/2026 (182 ngày): 100.000.000 × 0,03% × 182 = 5.460.000 đồng.
• Phạt khai sai 20%: 100.000.000 × 20% = 20.000.000 đồng.
• Tổng phải nộp: 100.000.000 + 5.460.000 + 20.000.000 = 125.460.000 đồng.

Chủ doanh nghiệp nên chuẩn bị gì?

Văn bản không có danh mục hồ sơ chung; tài liệu cụ thể được ghi trong từng thông báo hoặc quyết định kiểm tra, gồm hồ sơ thuế nào, kỳ tính thuế nào. Những loại tài liệu luật có nêu tên được liệt kê dưới đây.

✔Sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ và tài liệu liên quan đến số thuế phải nộp; không xuất trình đúng hạn thì bị ấn định thuế (điểm d khoản 2 Điều 24 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15).

✔Hồ sơ thuế các kỳ bị kiểm tra: hồ sơ đăng ký thuế, khai thuế, nộp thuế, hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế, gia hạn (khoản 9 Điều 4 của luật).

✔Hồ sơ giao dịch liên kết: doanh nghiệp có giao dịch liên kết cung cấp hồ sơ và thông tin các bên liên kết, kể cả bên ở nước ngoài (điểm m khoản 2 Điều 37).

✔Dữ liệu phần mềm kế toán, hóa đơn điện tử: khi có dấu hiệu trốn thuế, cơ quan thuế được truy cập dữ liệu phần mềm kế toán, hóa đơn điện tử, máy tính tiền và được tạm giữ tài liệu (Điều 23).

✔Nộp trong 06 giờ làm việc: hồ sơ, tài liệu, hóa đơn, chứng từ, sổ kế toán phải nộp trong 06 giờ làm việc kể từ khi đoàn kiểm tra yêu cầu tại trụ sở; quá hạn bị phạt (điểm c khoản 1 Điều 15 Nghị định 125/2020/NĐ-CP).

Khai bổ sung trước khi công bố quyết định: doanh nghiệp khai sai nhưng đã khai bổ sung và tự nộp đủ số thuế trước thời điểm công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thì không bị phạt khai sai, vẫn phải nộp tiền chậm nộp (điểm a khoản 2 Điều 44 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15). Sau khi công bố, doanh nghiệp không được khai bổ sung cho phạm vi, thời kỳ đang kiểm tra (khoản 5 Điều 12).

Việc cần làm khi nhận thông báo giải trình, quyết định kiểm tra:

Bị ấn định thuế mà không đồng ý thì doanh nghiệp vẫn phải nộp số đã ấn định, đồng thời được đề nghị giải thích, khiếu nại hoặc khởi kiện (điểm o khoản 2 Điều 37 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15). Số thuế truy thu để quá hạn có thể bị cưỡng chế; doanh nghiệp đã bị cưỡng chế mà chưa nộp đủ thì người đại diện theo pháp luật có thể bị tạm hoãn xuất cảnh theo ngưỡng Chính phủ quy định (khoản 5 Điều 17 của luật).

Căn cứ pháp lý:

✔Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, hiệu lực từ 01/7/2026: khoản 9, 11 Điều 4; khoản 5 Điều 12; Điều 16, 17; Điều 22–24; Điều 37; khoản 10 Điều 39; Điều 44, 45; khoản 3 Điều 53.

✔Nghị định 252/2026/NĐ-CP, hiệu lực từ 01/7/2026: khoản 2 Điều 26; khoản 1 Điều 30; Điều 48.

✔Thông tư 89/2026/TT-BTC, hiệu lực từ 01/7/2026: Điều 87, 88, 89 và các mẫu 01/KTT, 02/KTT, 04/KTT, 05/KTT.

✔Thông tư 94/2026/TT-BTC, hiệu lực từ 01/7/2026: Điều 9, 13, 17 và Phụ lục II.

✔Nghị định 125/2020/NĐ-CP: Điều 15, 16, 17, sửa đổi bởi Nghị định 102/2021/NĐ-CP, Nghị định 310/2025/NĐ-CP và Nghị định 291/2026/NĐ-CP; Văn bản hợp nhất 27/2026/VBHN-NĐ-BTC.

✔Luật Thanh tra 84/2025/QH15, hiệu lực từ 01/7/2025: Điều 7, Điều 19.

Vina Accounting hỗ trợ gì trước khi bị kiểm tra thuế?

Các nghĩa vụ khai, nộp thường gặp của công ty được tổng hợp tại trang thuế doanh nghiệp.

Gửi thông tin để được rà soát trước kiểm tra:

Anh chị để lại họ tên, số điện thoại và văn bản đã nhận; chúng tôi gọi lại, xem phạm vi kiểm tra rồi báo phí, thời gian và cách thanh toán trước khi nhận hồ sơ. Cần trao đổi ngay, anh chị gọi hoặc nhắn Zalo số 0938 13 32 32.

Hỏi nhanh:

Bao lâu thì doanh nghiệp bị thanh tra, kiểm tra thuế một lần?

Kiểm tra tại trụ sở theo kế hoạch, chuyên đề và khi giải thể, sáp nhập, chấm dứt mã số thuế không quá 01 lần trong 01 năm (điểm c khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15). Kiểm tra hoàn thuế hoặc khi có dấu hiệu vi phạm không thuộc giới hạn này. Doanh nghiệp không có lịch cố định, việc chọn chủ yếu dựa trên mức rủi ro.

Được báo trước bao lâu khi bị kiểm tra tại doanh nghiệp?

Quyết định kiểm tra được gửi trong 03 ngày làm việc kể từ ngày ký và công bố trong 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành (điểm a, b khoản 7 Điều 88 Thông tư 89/2026/TT-BTC). Đoàn kiểm tra làm tối đa 20 ngày, gia hạn 01 lần tối đa 20 ngày.

Nhận thông báo giải trình của cơ quan thuế thì làm gì?

Doanh nghiệp có 10 ngày làm việc để giải trình hoặc khai bổ sung; chưa đạt thì có thông báo lần 2 với thêm 10 ngày làm việc, tối đa 02 lần (khoản 3 Điều 87 Thông tư 89/2026/TT-BTC). Bỏ qua thông báo thì có thể bị ấn định thuế, bị kiểm tra tại trụ sở và bị đưa vào diện giám sát trọng điểm.

Doanh nghiệp có được từ chối đoàn kiểm tra không?

Được, khi đoàn đến mà không có quyết định kiểm tra, khi được yêu cầu đến làm việc mà không có thông báo giải trình, hoặc khi tài liệu bị yêu cầu không liên quan đến nội dung kiểm tra (điểm r khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15). Khi đã có quyết định thì phải chấp hành.

Không đồng ý biên bản kiểm tra có phải ký không?

Phải ký trong 05 ngày làm việc kể từ khi kết thúc kiểm tra; ý kiến không đồng ý được ghi vào biên bản hoặc lưu kèm. Không ký thì tổ chức bị phạt 2–5 triệu đồng (khoản 1 Điều 15 Nghị định 125/2020/NĐ-CP). Sau đó doanh nghiệp vẫn có quyền khiếu nại hoặc khởi kiện.

Doanh nghiệp rủi ro cao về thuế là gì?

Là doanh nghiệp bị hệ thống của cơ quan thuế xếp vào mức rủi ro cao, tức có nguy cơ không tuân thủ, gây thất thu (khoản 11 Điều 4 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15; Điều 13 Thông tư 94/2026/TT-BTC). Tiêu chí ở Phụ lục II gồm số lần đổi địa chỉ, tạm ngừng, tỷ lệ nộp tờ khai đúng hạn, tờ khai toàn số 0, lỗ liên tục mà vẫn mở rộng, nợ thuế; văn bản không công bố ngưỡng số cụ thể.

Người duyệt: Vina Accounting · Cập nhật: 30/10/2026.